Die Provinz San Juan wird von zwei markanten Gebirgszügen durchzogen: die Anden im Westen und die Sierra de Valle Fértil im Osten. Höchster Gipfel ist der Mercedario mit 6.770m, der somit zu den höchsten Bergen Amerikas gehört. Diese Riesen müssen oft umfahren werden, wenn man mit dem Auto in der Provinz unterwegs ist.

Das Klima ist trocken und die Vegetation steppenhaft, daher lebt der überwiegende Teil der Bevölkerung in wenigen grünen Oasentälern. Über 80% aller Bewohner leben im Großraum San Juan, umgeben von zahlreichen Weingütern.